Die Reformation erreicht Badenhausen im Jahre 1542. Die „leere Pfarre“, also unbesetzt, wird mit Johannes Koch neu besetzt. Aber schon 1547 wird der Katholizismus wieder eingeführt. Heinrich aus Braunschweig führte die Gemeinden seines Herrschaftsgebietes wieder zum alten Glauben zurück. Doch 20 Jahre später wandelt sich erneut die Religion und nun wird Badenhausen endgültig protestantisch. Aufgrund vieler vakanter Pfarrstellen muss der Prediger Zacharias Picht aus Gittelde die Gemeinde mitversorgen.
Balthasar Cunradi war Pfarrer in der Kirche seit 1588. Seine Gebeine sind wahrscheinlich unter denen, welche bei den Ausgrabungen links vom Altar gefunden wurden. Sie wurden am 11. November 1989 dort wieder beigesetzt. Sein Grabstein wies eine Inschrift aus dem Hebräerbrief auf: „Denn auf der Erde gibt es keine Stadt in der wir bleiben können, wir warten auf die Stadt die kommen wird.“
In der Amtszeit des nächsten Pfarrers (Heinrich Ilse) entstand das älteste, noch vorhandene Ausschmückungsteil in der St. Martin Kirche. Es stand jahrelang vor dem Altar und hängt nun im Eingangsbereich der Kirche. Dabei handelt es sich um ein Ölgemälde mit Darstellung des letzten Abendmahls. In der Bildecke findet sich die heute noch erhaltene Inschrift:

abendmahl

ANNO 1598, TEMPORE DNI HEINRIC: ILSE=NII HUIUS ECCLE SIAE MINISTRI, PIN=GEBAT Augustinus Kramer. Henning Wernicke Hans Rudolph Altarleutt. Gerhardt Römerman. Heinrich Hachenbergk.
übern armenkasten

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612 erhielt die Kirche eine zweite Glocke. Andreas Berger war zu dieser Zeit Pfarrer an unserer Kirche. In der Zeit des 30-jährigen Krieges kam es zu großen Verwüstungen. Schon 1625 bis 1626 erlebte der Ort eine Zerstörung durch plündernde Soldaten, die Einwohner suchten Schutz in Osterode. Bei den Ausgrabungen wurde eine Feuerstelle gefunden, sie lässt Schlüsse auf die Nutzung als Zufluchtsort der Einwohner oder Heerlager der Soldaten zu. Viele Einwohner, unter ihnen auch Pfarrer Berger, flohen nach Osterode. Einige von ihnen starben an der Pest, die damals auftrat.

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